سازمان حج و زیارت یک «سازمان‌ دولتی مستقل» و وابسته به وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی است که مسئولیت اجرا و نظارت بر حج تمتع، عمره مفرده، عتبات عالیات عراق، و سفر زیارتی سوریه را بر عهده دارد. سیاست‌گذاری، نظارت، هدایت و اداره امور حج و زیارت عتبات عالیات در خارج از کشور و برقراری ارتباط با کشورهای اسلامی و مجامع بین‌المللی اسلامی در امر حج و زیارت، اهداف این سازمان هستند. شورای عالی حج و زیارت، نمایندگی ولی فقیه در امور حج و زیارت، رییس سازمان حج و زیارت، و حسابرسان ارکان این سازمان را تشکیل می‌دهند.

تا سال ۱۳۵۱ امور حج و زیارت ایران توسط بخشی از وزارت کشور انجام می‌شد. در این سال با تصویب هیأت وزیران وقت، کلیه امور مربوط به حج به سازمان اوقاف (زیر نظر نخست‌وزیری) واگذار شد. با تصویب مجلس شورای اسلامی در سال ۱۳۶۳ فعالیت مربوط به حج و زیارت دگربار از جمله وظایف سازمان اوقاف قرار گرفت. در سال ۱۳۷۰ با آغاز سفر زائران پس از وقفه‌ای سه ساله، با تصویب شورای عالی اداری کشور، حج و اوقاف دگربار از هم تفکیک شدند و سازمان مستقل «حج و زیارت» تحت نظر وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی تشکیل شد. شورای عالی اداری در ۱۲۷مین جلسه خود در ۲۴ خرداد ۱۳۸۴ با تثبیت وضعیت موجود، سازمان حج و زیارت را سازمانی دولتی، مستقل و وابسته به وزارت فرهنگ و ارشاد اسلام دانست که بر پایه سیاست‌های مصوب نظام، اندیشه‌های امام خمینی و رهنمودهای مقام رهبری و رئیس جمهوری اداره می‌شود و رئیس آن با هماهنگی نماینده ولی فقیه در امور حج و زیارت توسط وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی معین می‌شود. محمدرضا توسلی، موسوی خوئینی‌ها، مهدی کروبی، محمد محمدی ری شهری و علی قاضی عسگر نمایندگان ولی فقیه و سرپرست حجاج در این سازمان پس از انقلاب بوده اند.